Foi a Capela Curada de Carri, Carahy ou Icarahy, que deu origem à atual Paróquia de São João Batista, em Niterói. Esta Capela foi fundada em 1660 na ermida levantada em honra de S. João Batista “no morro próximo ao Campo da Fazenda do Mosteiro de S. Bento, cujo lugar denominado da Pedra de Carri” (Mons. Pizarro, vol. 3, pág. 155). Ficava, segundo vários indícios, no atual Morro de Santa Tereza. Transferiu-se depois para a Ermida de N.S. das Necessidades para o local da atual igreja de N. S. do Rosário. Mais tarde esta capela foi ampliada de uma capela-mór, para aí se colocar a imagem de São João Batista.
No ano de 1744, ficou concluída a obra, sendo então transferida para lá a imagem do Santo Padroeiro e a pia batismal no dia 28 de dezembro. A paróquia havia sido criada por Alvará de 18 de janeiro de 1696, tendo como seu primeiro Vigário Colado o Padre Miguel Luís Freire que dela tomou posse no ano seguinte. Por ter desabado o côro da Capela, a paróquia foi transferida para a Igreja de N. S. da Conceição, lugar mais central. Com a criação da Vila Real da Praia Grande a 1º de maio de 1819, projetou-se construir uma nova Matriz. Foi Manoel Rodrigues Carvalho, conhecido por “Manoel Arqueiro” quem conseguiu que o Brigadeiro Manoel Alves da Fonseca Costa e sua mulher fizessem a doação do terreno, o que verificou a 29 de março de 1821. Recebeu esta doação a Irmandade de São João Batista, já existente desde 1742. Em 1831, sendo Vigário o Padre Tomaz de Aquino, foi benzido o novo templo, para o qual se fez a transladação do Santíssimo Sacramento e das imagens que se encontravam na igreja de N.S. da Conceição.
A construção da atual igreja iniciou-se a 2 de março de 1842, por iniciativa do Marquês do Paraná, Presidente da Província, que solicitou recursos à Assembléia Legislativa. As obras ficaram paralisadas durante oito anos e somente em 1854 pode ser utilizada. Em 23 de junho desse ano transladou-se a imagem do Padroeiro da velha Matriz para a nova, ato muito concorrido que contou com a presença do Imperador e da Imperatriz. A anterior, colocada no atual Jardim Pinto Lima, foi posta a baixo. O projeto da construção é do engenheiro Rivière. Até hoje conserva o seu aspecto primitivo. Foi elevada à dignidade de Catedral por Decreto de 25 de fevereiro de 1908.
Em 1929, foi decorada internamente pelo artista italiano Colossi, orçamento a despesa em 120 contos de reis. A eletricidade foi inaugurada em 1911. O atual altar-mór foi inaugurado a 26 de julho de 1942 por Dom José Pereira Alves. Foi consagrada no mesmo ano. O seu órgão foi inaugurado solenemente a 22 de junho de 1947, com a presença das Autoridades e muito povo. A Capela do Santíssimo Sacramento foi totalmente remodelada sob a orientação do salesiano Padre Paulo Consolini.
